L'occupation humaine à Mayotte est attestée dès le VIIIe siècle sur le site de Koungou(âge RC14 1200BP±60 soit 813 après JC± 81ans). Avant le Xe siècle, cinq autres sites sont connus: Dembeni I, Majicavo, Hanyoundrrou, Bagamoyo et Acoua. Le nombre de sites augmente considérablement par la suite entre le Xe et XIIIe siècle.
Entre le XIVe et XVIIIe siècle, l'île est déjà bien peuplée. D'après les écrits du Portugais Baltazar Lobo da Suza de 1557, la population de Mayotte est estimée à 12 000 habitants. La démographie s'inverse radicalement à partir du XVIIIe siècle (voir l'article sur les causes de l'effondrement de la civilisation classique) et seules quelques rares localités sont à cette époque encore occupées.