La recherche archéologique est récente à Mayotte, débutant en 1975 avec une campagne de prospection par des chercheurs américains (Susan Kus et Henry Théodore Wright). Ces chercheurs parcoururent l’essentiel de l’île (dans la limite du réseau routier de l’époque) et furent les premiers à établir une carte archéologique de Mayotte et à dresser les bases des grandes périodes culturelles. La même année, Claude Allibert et Alain et Jacqueline Argant s’intéressèrent au site de Bagamoyo en Petite Terre qu’ils fouillèrent en 1979 et 1981. Dès lors la recherche archéologique a été poursuivie dans les années 1980 puis 1990 par le Centre d’Etude et de Recherche de l’Océan Indien, équipe de recherche française (INALCO), dirigée par Pierre Vérin puis Claude Allibert. Les premiers sondages archéologiques concernèrent les sites de Bagamoyo et Dembeni (Allibert 1989, Allibert et Liszkowski et al. 1993).
Dans les années 1990, Henri Daniel Liszkowski, membre du CEROI et fondateur en 1990 de la Société d’Histoire et d’Archéologie de Mayotte (SHAM) a poursuivi le travail de prospection y compris sous-marines (répertoire archéologique 1997 puis 2002) et réalisé une série de fouilles sur le puits de la mosquée de Polé (1993 et 1994), dans le quartier ancien de Mjikura à Mtsamboro (1996) puis en menant une étude du site de Soulou Mtsanga Guini (1994-2001), un premier relevé des mosquées anciennes a été dressé (Liszkowski 2000).
En 1999 et 2000, des archéologues de l’INRAP, P.Courtaud et B.Desachy ont mené une fouille archéologique sur la nécropole de Bagamoyo et sur le dépotoir de Dembeni en vue de former les agents de la MAison du PATrimoine crée par le service culturel du Conseil Général (la MAPAT conserve depuis le mobilier archéologique des fouilles menées à Mayotte).
Les travaux de Martial Pauly entre 2005 et 2008 ont permis la découverte de nouveaux sites archéologiques tandis qu’une fouille de sauvegarde a été conduite sur le site d’Acoua-Agnala M’kiri(Pauly 2008 et 2010).
Malgré quarante années de recherche, la richesse du patrimoine archéologique de Mayotte n’a été qu’effleurée, et beaucoup d’axes de recherche n’ont pas été explorés (étude palynologique, étude des sites fortifiés, étude de l’architecture religieuse, etc.) alors que ce patrimoine archéologique est grandement menacé par les atteintes naturelles mais surtout humaines avec l’active urbanisation que connaît l’île depuis quelques décennies.