L'institution du sultanat s'est progressivement imposée à Mayotte à la fin du XVe siècle. Seules trois généalogies sont connues:
-celle fournie par le cadi Omar Aboubacar (1865)
-celle donnée par Gevrey (1870) mais qui s'appuie sur la précédente tout en essayant de fixer une chronologie aux règnes
-celle, enfin que Mkadara ben Mohamed fournit en annexe de son manuscrit (1931), et qui reprend en partie la généalogie fournie par le cadi Omar Aboubacar.
Ces écrits ne se recoupent pas toujours et plusieurs possibilités dans la succession des règnes existent pour le XVIe siècle.
Les relations de voyage européennes permettent quelquefois de situer dans la chronologie certains règnes comme celui d'Omar ben Ali, intronisé en 1643 après l'assassinat de son prédécesseur.
Enfin, l'inscription de Tsingoni datée de 1538 permet de clarifier la chronologie des premiers sultans.
Aussi, nous proposons cette succession de règnes:
Attoumani ben Ahmed (uniquement cité par Mkadara), premier sultan shirazi de Mayotte, établi à Mtsamboro, au dernier quart du xve siècle.
Mohamed ben Hassan règne sur Anjouan, Mohéli et Mayotte jusqu'aux années 153O
‘Issa (ou Ali ?) ben Mohamed, v1530-fin xvie siècle, il se fixe à Tsingoni où le mihrab de la mosquée porte la date de 1538. Sous son règne, Mayotte s'émancipe d'Anjouan.
Ali ben Bwana Foumou ibn Ali, petit fils d'Issa, son père est un prince swahili. Il s'agit peut-être du sultan assassiné en 1643.
Omar ben Ali 1643-v1680, réputé pour son bon accueil lors des escales européennes dans la baie de Soulou.
Ali ben Omar, il règne encore lorsque Tsingoni est attaquée par le pirate North en 1701 ou 1702, son fils Hussein est assassiné lors de cette attaque.
Echati binti Omar, soeur du précédent, elle avait épousé un prince d'Anjouan, Mwé Fani. Leur fille Manaou lui succède.
Manaou binti Mwé Fani, fille de Mogné Fani, prince d'Anjouan et d'Echati binti Omar.
Aboubakar ben Omar, frère de Ali ben Omar qui reprend le trône à Manaou.
Salimou ben Mwé Fani, ou Salim I, frère de Manaou, il renverse Aboubakar avec l'aide du sultan d'Anjouan Salim (v1707-1742), qui soutient ses prétentions au trône de Mayotte,car en tant que fils de Mwé Fani, ce nouveau sultan lui fera plus facilement allégeance. Or Salim devenu sultan de Mayotte, refusera de faire allégeance au successeur de salim (d'Anjouan), Said Ahmed (1742?-1792), déclenchant une série de guerres entre Anjouan et Mayotte.
Bwana Kombo ben Salim v1750-v1790, fils de Salim, durant son règne, le sultanat d'Anjouan tente à plusieurs reprises de s'emparer de Mayotte.
Saleh ben Mohamed ben Bechir el Monzari, ou Salim II, vers 1790-1807, riche marchand qui s'imposa comme sultan après la mort de Bwana Combo, il établit la capitale à Dzaoudzi dans les années 1790. Sous son règne débutent les razzias malgaches (1794-1820).
Souhali ben Mohamed 1807-1817 tantôt présenté comme le fils de Salim, tantôt comme son ministre, il s'empare de trône après l'assassinat de Salim. Il est renversé lors d'une révolte des clans aristocratiques mahorais. Mahona Amadi, petit fils de Bwana Combo d'après le cadi Omar Aboubacar est intronisé pour lui succéder.
Mahona Amadi 1817-1829, renverse Souhali et contracte un pacte de protection avec le royaume sakalave.
Bwana Combo 1829-1836, jeune fils de Mohana Amadi, il est renversé par Andriantsouly
Andriantsouly 1832-1833, 1836-1845, usurpateur, ancien roi sakalave en exil à Mayotte, il détrône Bwana Combo.
M.Pauly
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